История создания и становления храма уходит корнями во времена основания самого города Каракола дальновидным и прагматичным путешественником
Александром Каульбарсом. Он-то и был инициатором возведения временного храма из войлока, материала, из которого сооружались и строились практически все постройки того времени. Но уже на следующий год войлочные стены храма были заменены на деревянные, а еще позже их сменили на каменные и кирпичные. Не устояв перед пожарами и землетрясением в
1889 году, здание церкви было разрушено практически до основания. Новая пятиглавая церковь с колокольней была возведена из дерева по специальному проекту семьёй местных
купцов Масликовых и освящена в
1895 году. По их исходной задумке церковь должна была иметь форму креста, а пять куполов и колокольня венчать небольшое, но единое и компактное строение храма. Белоснежные стены с резными голубыми вставками и фресками, на которых были изображены цветы и гроздья ягод, создавали ощущение первозданной чистоты, а многоликий иконостас и скромное убранство церкви по-настоящему делали это место Божьим домом. Храм был важным просветительским центром – в его библиотеке насчитывалось более 1000 книг.